Quyết định của Ferdinand liên minh với Liên minh thứ ba chống lại Napoléon năm 1805 đã chứng minh là có hại hơn. Năm 1806, sau những chiến thắng quyết định đối với quân đội đồng minh tại Austerlitz và Neapolitans ở Campo Tenese, Napoléon đưa anh trai của ông, Joseph lên làm Vua của Napoli. Khi Joseph bị đưa đi Tây Ban Nha 2 năm sau, anh ta đã bị thay thế bởi em gái của Napoleon, Caroline và anh rể Joachim Murat, làm vua của hai gia đình Sicily.

Trong khi đó, Ferdinand đã trốn sang Sicily, nơi ông giữ lại ngôi của mình, bất chấp những nỗ lực liên tiếp của Murat để xâm chiếm hòn đảo. Người Anh sẽ bảo vệ Sicily trong suốt thời gian còn lại của cuộc chiến tranh, nhưng bất chấp Vương quốc Sicily là một phần của liên minh thứ tư, thứ năm và thứ sáu chống lại Napoléon, ông Ferdinand và người Anh không bao giờ có thể thách thức quyền kiểm soát của Pháp trên đất liền của Ý.

Sau thất bại của Napoléon vào năm 1814, Murat đã đạt được thỏa thuận với Áo và được phép giữ lại ngôi vua Naples, bất chấp những nỗ lực vận động hành lang của Ferdinand và những người ủng hộ ông. Tuy nhiên, với hầu hết các quyền hạn khác, đặc biệt là Anh Quốc, thù địch đối với anh ta và phụ thuộc vào sự hỗ trợ không chắc chắn của Áo, vị trí của Murat ngày càng ít an toàn. Do đó, khi Napoleon trở lại Pháp trong Trăm Ngày năm 1815, Murat một lần nữa lại đứng về phía ông ta. Nhận ra rằng người Áo sẽ sớm tìm cách lôi kéo anh ta, Murat đã tuyên bố Rimini với hy vọng cứu vương quốc của mình bằng cách liên minh với những người theo chủ nghĩa dân tộc Ý.

Cuộc chiến Neapolitan tiếp theo giữa Murat và người Áo rất ngắn ngủi, kết thúc với một chiến thắng quyết liệt cho lực lượng Áo tại Trận Tolentino. Murat buộc phải trốn chạy, và Ferdinand IV của Sicily được khôi phục lại ngôi vua của Naples. Murat sẽ cố lấy lại ngôi của mình nhưng nhanh chóng bị bắt và bị hành quyết bởi đội hình sa thải ở Pizzo, Calabria. Năm sau, năm 1816, cuối cùng đã chứng kiến ​​sự kết hợp chính thức của Vương quốc Naples với Vương quốc Sicily vào Vương quốc mới của hai Sicily.